نرم‌افزار دبیرخانه به عنوان یک ابزار مدیریتی برای سازمان‌دهی و مدیریت فرآیندهای اداری مرتبط با مکاتبات و مستندات درون‌سازمانی و برون‌سازمانی به کار می‌رود. هدف بهره‌گیری از این نرم‌افزارها خودکارسازی و بهینه‌سازی فرآیندهای مربوط به ثبت، پیگیری و آرشیو نامه‌ها و اسناد است. نرم افزار دبیرخانه و اتوماسیون اداری هر دو با هدف بهبود فرآیندهای اداری و افزایش بهره‌وری در سازمان‌ها طراحی شده‌اند، اما تفاوت‌هایی در دامنه عملکرد و ویژگی‌های آن‌ها وجود دارد؛ نرم افزاردبیرخانه بیشتر بر ورودی و بایگانی مکاتبات، نرم افزار شماره گذاری نامه های اداری، تاریخ، موضوع، فرستنده، گیرنده، پیوست‌ها و … متمرکز است؛ درحالی که سیستم اتوماسیون اداری مفهومی گسترده‌تر دارد و شامل تمامی فرآیندهای اداری سازمان از جمله مدیریت مکاتبات، گردش کار، مدیریت پروژه‌ها، مدیریت منابع انسانی، مدیریت مالی و… میشود.
با توجه به سطح حساسیت اطلاعات نرم افزارهای دبیرخانه و بایگانی، معمولا در دو سطح عمومی و محرمانه طبقه‌بندی می‌شوند. در نرم افزار دبیرخانه محرمانه با استفاده از مکانیزم‌های امنیتی قوی‌تر برای محافظت از اطلاعات، سطح امنیتی بسیار بالاتری ارائه میشود؛ در واقع، در نوع محرمانه ویژگی‌های امنیتی اضافی مانند رمزنگاری، کنترل دسترسی دقیق، ردیابی تغییرات، گزارش‌دهی امنیتی ایجاد شده است و با رعایت استانداردهای امنیتی طراحی میشود.
